MP4 和 WMV 之間有幾個主要的區別如下：
編碼方式
熱門程度
相容性
影片品質
檔案大小
我們先來探討這些差異，了解一下 MP4 和 WMV 將造成哪些不同的影響，最後再決定您要使用哪種影片檔案格式吧。
編碼方式
先不談太深的科技，MP4 和 WMV 檔案光是編碼方式就不一樣。WMV 使用 Microsoft 的進階系統格式 (Advanced Systems Format，ASF) 作為容器，從而容納檔案的編碼媒體，而 MP4 檔案則裝載著由 H.264 或 H.265 編碼的視訊內容，以及由 AAC 編碼的音訊內容。結果就是 MP4 影片的壓縮程度通常不比 WMV 檔案，因而保留了更高的品質。
把其他檔案格式轉換為 MP4 時，通常能藉由調整壓縮率和編碼來把檔案變小，從而節省空間。當然，您也可以直接將檔案轉換為 WMV，省下更多空間。但如果您更在意影片的品質，建議您還是使用 MP4 就好。
熱門程度
雖然這兩種檔案格式都很流行，但 MP4 在影片共享平台和媒體播放程式中更為吃香，因為相容範圍更廣。MP4 基本上可說是業界標準，無論是 Mac、Windows、Linux、Android OS 還是 iOS，統統都適用，更無需下載外掛程式或額外的媒體播放程式。然而 WMV 也是非常受歡迎的。WMV 不僅幾乎能與所有的 Microsoft 產品相容，而且只要加上外掛程式，便也能夠在多數其他平台和作業系統上執行。此外，對於收集 DVD 和藍光電影的人來說，WMV 更是個不錯的選擇。將這些電影和影片轉換並備份為 WMV 檔案是個很好的方法，可以節省空間，並確保您能在電腦上觀看最愛的作品。
相容性
如果您有需要在各式各樣的平台上播放您的影片，又或者您是 Mac 的使用者，那就不能忽視這兩種檔案格式間的相容問題。沒錯，只要擁有有適合的外掛程式，WMV 也可以在 Mac 上播放，但您的觀眾未必擁有這樣的外掛程式。考量到需要採取額外的步驟，他們未必願意觀賞您的影片。
那麼，MP4 和 WMV，何者更優呢？MP4 的相容性近乎無所不包，對於希望在各式平台與媒體播放程式之間進行分享的使用者而言，顯然更為有用。另一方面，Windows 的使用者可能會更喜歡 WMV，因為他們不需要考慮 WMV 與 MP4 在 YouTube 和其他平台的關係。相容性對部分使用者來說是個障礙，但對於其他使用者而言又不成問題。而大多數平台，如 YouTube，又都與 WMV 相容，畢竟這終究是個非常熱門的影片檔案格式。
影片品質
一般來說，大家都會認為 MP4 檔案的影片品質比 WMV 更好，但實際上並不總是如此。影片品質取決於影片的編碼方式、如位元速率這類的設定，以及影片的原始來源。舉例來說，用手機拍攝的低解析度影片，就算製作成 MP4 檔案，品質也不可能好到哪裡去，或許還遠遠不如從 DVD 或藍光片上翻錄而來的 WMV 檔案呢。假設影片的原始來源相同，使用 MP4 格式通常會比使用 WMV 來得清晰且令人滿意。但如果空間是個問題，那麼或許可以犧牲一點點品質 (未必看得出來) 來爭取儲存空間。在您為下一個影片專案做決定前，請考慮上述所有因素。
檔案大小
談論完影片品質的一切以後，MP4 與 WMV之間最後一項顯著的差異在於檔案的大小。如果我們所說的影片有著相同的原始來源 (具有相同的影片長度和解析度等等)，那麼 MP4 檔案通常會比 WMV 檔案大。這就是為什麼很多人會使用 WMV 檔案來為 DVD 和藍光光碟備份。檔案越是壓縮，所產生的影片檔就越小，也就更容易儲存在電腦、外部硬碟或雲端。因此，在考量 WMV 與 MP4 檔案的大小時，特別是當您所能使用的本機記憶體十分有限時，或者是當您需使用 Google 雲端硬碟、Dropbox 或 Microsoft OneDrive 這類平台時，因為資料儲存量有其上限，WMV 總是能省下更多空間。